Dos Bicampeonatos en menos de 10 años

La década del 90, con a Nasib Nehme y Fernando Aspiazu como sus principales dirigentes, Emelec logró su primer Bicampeonato en 1993 y 1994. El cuerpo técnico lo comandaban el argentino Salvador Capitano (94) y el ecuatoriano Carlos Torres Garcés (95).

El nuevo siglo trajo a Emelec nuevos títulos. Bajo el mando de los directivos Enrique Ponce y Omar Quintana se logra el segundo bicampeonato, gestado entre 2001 y 2002, el primero de la mano del técnico nacional Carlos Sevilla y el Segundo del argentino Rodolfo Motta.